En un futuro próximo, una repentina y misteriosa elevación del nivel del mar ha sumergido gran parte de la civilización humana. Ikaruga Natsuki, quien perdió a su madre y una pierna en un accidente hace unos años, regresa desilusionado de su dura vida en la ciudad para encontrar su antiguo hogar en el campo casi completamente bajo el agua. Sin familia, lo único que posee son el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanóloga, además de sus deudas. Su única esperanza para recuperar los sueños que ha perdido es aprovechar una oportunidad que le ofrece la enigmática cobradora de deudas Catherine. Juntos se embarcan en la búsqueda de las ruinas hundidas del laboratorio de su abuela, con la esperanza de encontrar un tesoro que, según los rumores, ella dejó allí.